Offre de thèse
Réseaux de neurones informés par la physique pour l'estimation inverse des propriétés optiques de peaux saines et cancéreuses
Date limite de candidature
01-06-2026
Date de début de contrat
01-10-2026
Directeur de thèse
BLONDEL Walter
Encadrement
Thèse en co-encadrement, avec comité de suivi de thèse.
Type de contrat
école doctorale
équipe
BioSIS : Biologie, Signaux et Systèmes en Cancérologie et Neurosciencescontexte
La thèse sera réalisée au sein du département BioSiS du CRAN, dans le cadre des projets PhotoDiag et SiMul. PhotoDiag rassemble des compétences en recherche fondamentale et clinique dans les domaines de la santé, de la biologie et des signaux/instruments, développant en particulier son expertise en spectro-imagerie optique in vivo, de l'acquisition à l'analyse des données. SiMul se concentre sur les outils théoriques et méthodologiques pour le traitement des données multidimensionnelles, combinant concepts mathématiques, modélisation physique et traitement des données expérimentales.spécialité
Automatique, Traitement du signal et des images, Génie informatiquelaboratoire
CRAN - Centre de Recherche en Automatique de Nancy
Mots clés
PINNs, Problèmes inverses, transfert radiatif, multi-modalités, transport optimal, cancer de la peau
Détail de l'offre
La biophotonique et l'optique biomédicale sont des domaines de recherche majeurs dans lesquels s'inscrit le développement de méthodes et de dispositifs médicaux innovants [1] permettant une caractérisation in vivo non invasive des tissus biologiques. Le dispositif SpectroLive développé au CRAN, appuyé à la plateforme Infra+ PhotoVivo, a permis l'acquisition d'une des bases publiées de données spectroscopiques cliniques les plus riches connues à ce jour dans le domaine des cancers de la peau. Dans le cadre de la mise en œuvre de méthodes de spectro-imagerie optique tissulaire pour le diagnostic de cancers cutanés humains, le développement de méthodes fiables pour l'estimation in vivo des paramètres optiques (absorption, diffusion) des tissus, biomarqueurs discriminants pour l'identification de pathologies, à partir de ces spectres constituent un enjeu majeur et un domaine de recherche très actif.
Les interactions lumière-matière qui régissent le processus d'acquisition des spectres sont modélisées par l'équation de transfert radiatif, qui décrit l'évolution de l'énergie rayonnée u en fonction des coefficients d'absorption et de diffusion (pa, ps) du tissu. Ce projet porte sur le problème inverse correspondant, où l'on cherche à récupérer ces paramètres optiques à partir d'observations y = F(u) (les spectres observés).
Les réseaux neuronaux informés par la physique (PINNs) ont été introduits récemment comme un outil efficace pour traiter ces problèmes inverses [2], combinant la puissance prédictive des réseaux de neurones avec l'interprétabilité des modèles physiques. Ils ont notamment été utilisés pour résoudre les équations de transfert radiatif dans certains cas [3,4]. Dans [3], les auteurs proposent de rechercher les fonctions inconnues (u et pa dans leur cas) sous forme de réseaux neuronaux, de paramètres w=(wu, wa), comme solution du problème
(1) minimiser par rapport à w J(w) := || D(w) ||² + || B(w) ||² + L( F(u(wu)), y ) + R(w),
où D et B sont des opérateurs différentiels représentant respectivement l'EDP et ses conditions aux bords, et L et R sont des fonctions de coût à choisir en fonction du problème étudié, qui modélisent l'attache aux données et la régularisation. Ici, les données d'apprentissage consistent en des points de collocation sur les domaines de définition de u et pa, utilisés pour calculer les deux premiers termes de l'objectif J.
Ce projet de thèse vise à poursuivre l'étude des PINNs pour inverser l'équation de transfert radiatif, notamment dans le contexte de l'estimation des propriétés optiques à partir des données cliniques SpectroLive. Elle abordera les défis suivants :
• étendre l'approche à l'estimation simultanée des deux paramètres optiques pa et ps ;
• adapter le modèle pour traiter les différentes modalités spectroscopiques offertes par le dispositif SpectroLive [1], à savoir la réflectance diffuse et l'autofluorescence, qui entraînent chacune des conditions aux limites différentes, et des termes sources différents dans l'EDP;
• concevoir des termes de fidélité des données calibrés pour SpectroLive, ce qui implique par exemple de gérer la variabilité et l'hétérogénéité des données. Des alternatives robustes aux pénalités des moindres carrés, telles que le transport optimal non balancé [5], seront envisagées.
• fournir des garanties théoriques sur la convergence et l'erreur de généralisation du modèle (par exemple en fonction du nombre de données d'entraînement), en suivant les lignes directrices fournies par des travaux sur les PINNs récents [6,7]. Des expérimentations numériques ou sur fantômes optiques pourront appuyer l'étude.
Keywords
PINNs, Inverse problems, radiative transfer, multimodal, optimal transport, skin cancer
Subject details
Biophotonics and biomedical optics are major fields of research involved in the development of innovative medical methods and devices [1] that enable non-invasive in vivo characterisation of biological tissues. The SpectroLive device developed at CRAN, supported by the Infra+ PhotoVivo platform, has enabled the acquisition of one of the richest published clinical spectroscopic databases known to date in the field of skin cancer. As part of the implementation of tissue optical spectro-imaging methods for the diagnosis of human skin cancers, the development of reliable methods for the in vivo estimation of optical parameters (absorption, diffusion), which are discriminating biomarkers for the identification of pathologies, based on these spectroscopic data, is a major challenge and a very active area of research. Light-tissue interactions that govern the forward sensing process for spectra acquisitions are modeled by the radiative transfer equation, which describes the evolution of the radiation energy u depending on the absorption and diffusion coefficients (pa,ps) of the tissue. This project is concerned with the corresponding inverse PDE problem, where one aims at recovering these optical parameters from given measurements y = F(u) (i.e. the observed spectra). Physics-informed neural networks (PINNs) have recently emerged as an efficient way of tackling such inverse problems [2], combining the predictive power of neural networks with the interpretability of underlying physics. They have in particular been used to solve the radiative transfer equations in some cases [3,4]. In [3], the authors propose to search for the unknown functions (u and pa in their case) as feedforward neural networks with parameters w=(wu, wa) that solve (1) minimise with respect to w J(w) := ||D(w) ||² + || B(w) ||² + L( F(u(wu)), y ) + R(w), where D and B are the differential operators representing the PDE and its boundary conditions respectively, and L and R are cost functions to be chosen depending on the problem of interest, modelling data fidelity and regularisation. In this case, the training data consists in collocation points over the definition domains of u and pa, that are used to compute the first two terms in the objective J. The proposed PhD thesis aims at further investigating the use of such PINNs to invert the radiative transfer equation, in the context of estimating optical properties from the SpectroLive clinical data. It will address the following challenges: • extending the approach (1) to the joint recovery of both optical parameters pa and ps; • adapting the model to handle the different spectroscopic modalities offered by the SpectroLive sensing process [1], namely diffuse reflectance and auto-fluorescence, which result in different boundary conditions, and different source terms for the PDE; • designing data fidelity terms that are calibrated for SpectroLive, which e.g. entails handling variability and heterogeneity in the data. Robust alternatives to least-squares penalties, such as unbalanced optimal transport [5], will be considered. • providing theoretical guarantees on the convergence and generalisation error of the model (e.g. as a function of the amount of training data), following the guidelines provided by recent works [6,7]. Numerical experiments or experiments on optical phantoms will support this study.
Profil du candidat
Master ou équivalent, avec une expérience dans un ou plusieurs des domaines suivants : traitement du signal, apprentissage automatique, mathématiques appliquées. De solides connaissances en mathématiques sont requises, ainsi que des compétences en programmation dans Python, Julia ou Matlab. De bonnes compétences en communication en anglais sont attendues.
Candidate profile
Master degree or equivalent, with experience in one or more of the following fields: signal processing, machine learning, applied mathematics. A strong mathematical background is required, as well as programming skills in either Python, Julia or Matlab. Good communication skills in English are expected.
Référence biblio
[1] Blondel et al. (2021) “Spatially-Resolved Multiply-Excited Autofluorescence and Diffuse Reflectance Spectroscopy: SpectroLive Medical Device for Skin In Vivo Optical Biopsy”, Electronics, 10(3):243. ⟨hal-03380396⟩
[2] Raissi et al. (2019) “Physics-informed neural networks: A deep learning framework for solving forward and inverse problems involving nonlinear partial differential equations'', Journal of
Computational Physics, 378, 686–707.
[3] Mishra and Molinaro (2021). ‘‘Physics informed neural networks for simulating radiative transfer'', Journal of Quantitative Spectroscopy & Radiative Transfer, 270, 107705.
[4] Biswal et al. (2025). “Physics informed neural networks to solve radiative transfer equation in absorbing-scattering media'', Journal of Quantitative Spectroscopy & Radiative Transfer, 344, 109509.
[5] Peyré et Cuturi. (2018) 'Computational Optimal Transport: With Applications to Data Science'', Foundations and Trends in Machine Learning, 11(5-6), 355-607. ⟨hal-02411770⟩
[6] Mishra and Molinaro (2023). ‘‘Estimates on the generalization error of physics-informed neural
networks for approximating PDEs'', IMA Journal of Numerical Analysis, 43, 1-43.
[7] Doumèche et al. (2026). ‘‘On the convergenve of PINNs'', Bernoulli, 2025, 31, 2127-2151. ⟨hal-04085519v2⟩

