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CORRE EMMA

9h00

Soutenance de thèse de EMMA CORRE

Invasion des génomes de Pucciniales par les éléments transposables : comment les évènements de transposition façonnent l'évolution et l'architecture génomique chez les champignons responsables des rouilles des plantes

Invasion of Pucciniales genomes by transposable elements: How transposition events shape the evolution and the genomic architecture in rust fungi

Jury

Directeur de these_DUPLESSIS_Sébastien_Université de Lorraine
Rapporteur_CROLL_Daniel_Université de Neuchâtel
Rapporteur_LELANDAIS_Gaëlle_Université Paris-Saclay
Examinateur_LERAT_Emmanuelle_CNRS
Examinateur_DANCHIN_Etienne_Institut Sophia Agrobiotech INRAE PACA
CoDirecteur de these_LORRAIN_Cécile_ETH - Zurich
Président_ROUHIER-MOREL_Mélanie_Université de Lorraine – Faculté des Sciences et Technologie

école doctorale

SIReNa - SCIENCE ET INGENIERIE DES RESSOURCES NATURELLES

Laboratoire

IAM - Interactions Arbres Microrganismes

Mention de diplôme

Biologie et écologie des forêts et des agrosystèmes
Salle de conférence - bâtiment A INRAE, Rue d'Amance 54280 Champenoux, FRANCE
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Mots clés

Maladie de rouilles des plantes,Éléments transposables,Génomique comparative,

Résumé de la thèse

Les agents phytopathogènes causant les maladies de rouilles (Basidiomycètes, Pucciniomycotina, Pucciniales) possèdent parmi les génomes les plus larges et complexes du règne fongique, notamment marqués par la prolifération massive d'éléments transposables (ETs). Cette thèse explore l'impact évolutif des ETs sur l'architecture et la biologie des génomes des Pucciniales, à travers une approche intégrative combinant génomique comparative, assemblages haplotypiques de haute qualité et analyses de l'architecture 3D du génome.

Keywords

plant rust disease,transposable elements,Comparative genomics,

Abstract

Rust fungi (Basidiomycetes, Pucciniomycotina, Pucciniales) possess some of the largest and most complex genomes in the fungal kingdom, driven in large part by the massive proliferation of transposable elements (TEs). This thesis investigates the evolutionary impact of TEs on rust fungal genome architecture and biology, using a combination of comparative genomics, high-quality haplotype-resolved assemblies, and 3D genome architecture analysis.
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